在临床试验的发展过程中 , 通过开展随机临床试验收集试验数据，评价药品或治疗方案的疗效和安全性。为了得到准确可靠的试验结果 , 需要在临床试验的不同阶段遵循药品临床试验管理规范（GCP）原则。临床试验过程包括方案设计、项目执行、数据收集、统计分析、结果解释和总结报告几个阶段。那么，临床试验中存在的争议问题是什么。
一：临床评价的统计学假设
临床试验中疗效评估通常有三种假设检验类型：优效检验（S）、非劣效（N）和等效检验（E）。一般临床试验是为了在 80% 的可信度下，证明组间有显著性差异（α为 5%）。通常，只对一个主要终点进行疗效的假设检验可能不太适宜，因为没有同时考虑疗效指标和安全性指标。评价安全性时，研究者主要为了证明试验组不良事件发生率或其他安全性指标优于对照组，或不劣于对照组、或等效。因此，作者提议，临床试验除传统的假设检验外，还可以使用将安全性和疗效综合考虑在内的复合型假设检验。比如，研究者可能对与对照组相比的疗效指标的非劣效性及安全性指标的优效性感兴趣。在这种情形下，我们考虑证明试验的无效假设（H0）为：非 NS，N 指的是疗效方面非劣效，S 指的是安全性指标优效。当无效假设被拒绝，则证明了备选假设(Ha) 成立：NS，即试验药物疗效非劣效于活性对照药物，安全性优效于对照药物。统计学检验的统计量基于无效假设产生。可信度需要注意的是，复合型假设检验需控制整体一类错误率，疗效指标一类错误率在 α1 水平，安全性指标一类错误率在α2 水平。从单一假设检验增加到复合型假设检验，需增加样本量。
二：样本量估算的不稳定性
临床试验样本量通常根据已有的小样本预试验结果或者研究者根据经验预测的数据计算的。这两种数据都很有可能与实际情况相差甚远，这样估算的样本量就会有很大偏差。目前需要探讨的问题是，传统方法样本量估算的数据到底有多灵敏（稳定）。为此，作者假定试验终点指标是符合正态分布的连续型变量，模拟了一个简单的样本量计算过程。结果显示，基于小样本预试验数据计算的样本量可能无法满足疗效检验的准确度。如果两组试验数据的显著性差异在 0.05 附近，那么样本量估算可能极大影响整体试验结果，导致假阴性结果。使用 s2/δ2 的中位数估算样本量比常规使用均数估算样本量误差会小一些。但是实际计算过程中，我们很难得到 s2/δ2 的精确中位数。这时应用自助法（bootstrap）可能更实用一些。
三：盲法的完整性
双盲临床试验中，随机化可降低偏倚的发生。但是人们的好奇天性会导致研究者及受试者去猜测受试者到底接受了哪种治疗。为保证盲法的完整性，防止治疗过程的偏倚，最常见的做法是区组随机过程使用较大的区组数。但 是我们如何检验盲法的完整性？判断盲法是否被破坏，有一种方法是在试验揭盲前直接询问受试者，要他们猜测自己被分在哪一组，然后比较受试者猜测结果与实际分组的 差异，这样就能判断盲法是否被破坏。已有研究者进行了 类似的调查，美国国立卫生研究院（NIH）资助了一项随 机双盲临床试验，试验结束时，190 名受试者接受了一份问卷调查，猜测自己被分到了哪一组。与实际分组情况比 较后，发现盲法是被破坏的，许多受试者猜出了自己的实 际分组。研究者也可接受类似的调查，分析研究者的盲法 是否被破坏。 如果在试验结束时进行了类似调查，一个有争议的问 题是，如果试验结果很好，治疗组与对照组疗效有显著性差异，还要不要做盲法完整性的验证？另外，如果一项结 果很好的临床试验，盲法被破坏了，该采取何种措施？
四：临床终点指标的选择
主要应答指标的选择至关重要，被称为临床终点，需要在试验开始时就确定。在科学或医学问题的研究中，样本量估算时采用的可信度一般是 80%。为了达到预期可信 度，不同的研究设计和检验假设需要的样本量不同。 如上所述，在试验组和对照组进行非劣效检验时，样 本量计算还要取决于非劣效试验界值。与研究终点指标一 样，非劣效试验界值可以是绝对值变化，也可以是相对值 变化。为了临床试验的成功，一般情况下，在方案设计过程中，申办者会慎重评估后，选择研究终点类型，有临床意义的差值及非劣效试验界值。 面对不一致的结果，会产生一系列问题：首先，哪一个研究终点是真实可靠的？其次，派生出的研究终点是基于同一研究人群的同一数据集，如何把获得的一个研究终 点的临床信息进行转化，以上问题尚需进一步研究。
临床研究管理责任及风险分担机制 审评机构批准临床试验申请不意味着需要对企业研发项目后续问题负责。但由于历史原因，审评机构往往承担了很多本应由申请人承担的责任。如由于责任范围设定过宽，导致审评机构在审评过程中，既要辅导申办者设计临床试验，又要尽全力发现临床试验可能存在的风险隐患。这必然会导致审评机构对研发资料的过度要求，甚至要求创新药临床试验申请均需通过召开外部专家审评会才能决定批准与否，最终影响临床试验申请的审评时限。
临床试验申请管理方式对创新药研发支持力度 长期以来，我国药品研发以仿制已在境内或境外上市的药物为主。仿制药研发是基于对已知安全有效药物的认知来研制等效性药物。通常，生物等效性试验或桥接临床试验就可达到支持药品上市申请的目的。因此，我国临床试验申请管理方式也主要反映了仿制药的研发规律和要求。随着我国加速融入全球创新药物开发体系，旧有的临床试验管理方式与创新药物研发之间的矛盾愈发突出。长时间的审评及过度的资料要求限制了我国参与全球关键性临床研究的可能性，尤其在生物制品国际多中心临床试验申请方面，同时也无法满足国内制药企业转型创新药研发的迫切需求。
进口药的临床试验申请管理方式 我国药品管理按照生产者所在地，将药品分为国产药和进口药，其临床试验申请管理方式存在较大差异。比如，2007年版《药品注册管理办法》规定，进口疫苗必须在境外上市后，才能到国内申请临床研究等。
